محمدمهدی یعقوبی در شهریور ماه 1351 در یکی از روستاهای کرمان به دنیا آمد. در طول دوران تحصیل همواره جزو دانش آموزان ممتاز در سطح کلاس و یا مدرسه بود. در سال 1367 در اثر بیماری دچار معلولیت شده و از آن به بعد با ویلچر جابجا می شود. در سال 1370 در مقطع کارشناسی زیست شناسی وارد دانشگاه شده و در بهمن سال 1374 با کسب رتبه اول فارغ التحصیل شد. در مهر ماه1375 با اخذ رتبه اول در آزمون کارشناسی ارشد وارد دانشگاه تربیت مدرس در رشته ژنتیک شده و دو سال بعد با کسب رتبه دوم فارغ التحصیل گردید. در سال 1380 دانشگاه تربیت مدرس اولین دوره دانشجوی دکتری ژنتیک را در ایران راه اندازی نمود. وی در این آزمون شرکت کرده و با رتبه اول پذیرفته شد. چهار سال بعد در سال 1384 بعنوان اولین دانش آموخته دکتری ژنتیک ایران و به فاصله یکسال زودتر از تمام همکلاسی هایش فارغ التحصیل شد. حاصل کارهای پژوهشی دوران کارشناسی ارشد شرکت در پروژه ای بود که موفق شد جایزه دوم بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران را در سال 1380 نصیب خود سازد. همچنین نتایج رساله دکتری وی جایزه بهترین طرح ملی سلولهای بنیادی در ششمین کنگره بین المللی رویال را در شهریور ماه 1384 از آن خود نمود. وی از دی ماه 1384 عضو هیات علمی گروه بیوتکنولوژی مرکز بین المللی علوم وتکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی می باشد.